Запускается. Проверил с тремя разными дисками.
Могу предположить, что после подключения диска меняется последовательность распознавания разделов, sda, sdb. И они перестают соответствовать конфигурации загрузчика.
Нужно воткнуть всё что будет работать, проверить как распознались разделы и внести изменения в bootargs соответственно тому, что у вас получилось.
Но здесь как всегда есть одно но. По правильному вроде бы должно быть так. Задний нижний USB для диска. Вехний и передний для ВА. Но на практике у меня флешка с имиджами и swap воткнута в задний нижний. И она всегда там. Для диска использую верхний. Передний когда как.
Подключение-отключение диска у меня проблем не вызывает. Всё грузится и с диском, и со второй флешкой вместо диска. И без дополнительных носителей.
P.S. Загрузчик Mini U-boot 1.4. Из последней AAF Recovery tool.