Шаблон на флешке трогать не надо, копируешь на флешку новый фильм и снова даёшь ему название Kino, старый при этом удаляется-замещается.
А что до тормозов - не знаю, у двд рипов тормозов никогда не было, были маленькие когда HD в мпег2 HD делал, а может флешка медленная. Битрейд надо ставить такой чтоб файл на выходе получался по размеру немногим более исходного, лишнее ни к чему.