Вот это интересная задача

С MKV hd еще не работал. Попробуем разобраться

Наиболее важные для анализа места я выделил черным.
Что можно попробовать сделать:
1. В настройках аудио, аудиокодек - выбрать ac3
2. Там же, количество каналов - 5,1 (если столько было в исходном файле!)
3. К сожалению, формат видеофайла в Ксилисофте поменять нельзя, и из-за этого некоторые HD файлы, конвертированные этой программой в .ts, ресивер проиграть не смог. Закономерности я не нашел.
Можно еще поиграться экспертными настройками - 3-5 пункты.
Если все равно ничего не пойдет -
скачайте МедиаКодер, в него настройках выберете русский язык, и попробуйте прогнать файл через него.
Там, в Видео, попробуйте Н264, аудио - FFMpeg, формат АС3, звук - 5,1 канал.
Если не пройдет с первого раза, придется поиграть с настройками Видео и Аудио

До того, как перенести материал на флешку, проверить воспроизведение на компьютере.
Более простая
программа для конвертации называется Супер

Возможно, что кому-то именно она понравится больше всего.